豊臣秀吉に仕えて伊予今治（現在の愛媛県）７万石の城主となった小川土佐守祐忠は、関が原の合戦に破れて出家し、その長男千橘が、萬屋平右衛門と名乗って、この地で米穀商、両替商及木薬屋を業とした。この建物は、その住宅として寛文１０年（１６７０）年頃に創建されたものである。 　当家は、二条城や京都所司代に仕候する中小の大名の陣屋として、また京都町奉行所の公事宿（くじやど）としても利用されたので、隠し階段や武者隠しなど、大名の身辺警護のための特殊な構造、設備が施され、更に延焼防止の工夫も多い。 　建築様式は数奇屋式住宅で、極めて繊細優美であり、建築学的価値も非常に高いとされている。 　昭和１９年（１９４４）、数奇屋建式住宅、陣屋式建築、防火建築の３点から、当時の国宝保存法に基づく国宝に指定され、昭和２５年。文化財保護法により重要文化財に指定された。

当住宅は1944年（昭和19年）に国の重要文化財（当時の国宝保存法に基づく旧国宝）に指定された（指定名称は「小川家住宅」）。 民家建築としては、大阪府羽曳野市の吉村家住宅（1937年指定）に続いて2番目の指定。 主屋、北土蔵、西土蔵の3棟が重要文化財に指定されている。 1980年には土地1,272.32平方メートルが重要文化財に追加指定された。

大広間（15畳）は、主屋西端のもっとも奥まったところに位置する。 北側に床の間を設け、その右に床脇（天袋、違棚付き）、左に地袋を設ける。 さらに地袋から矩折りの西側には付書院がある。 天井は桐材の格天井である。 長押に打たれた磁器製の釘隠、室境の桑材の欄間に施された捻梅（ねじりうめ）の透彫など、随所に数寄屋風の意匠がみられる。 天井裏には武者溜があり、そこから室内の様子を窺えるようになっているが、下から見上げると明かり取りの天窓にしか見えない。 天袋の絵は狩野永真筆、地袋の漆絵は小川破笠の作といわれている。