国宝 日本最古の茶室建造物であると同時に、千利休作の現存茶室である。 現在一般化している、にじり口が設けられた小間（こま）の茶室の原型かつ数奇屋建築の原型とされる

嵯峨天皇の離宮「河陽（かや）離宮」跡であったので社名を離宮八幡宮とした。

昭和３年に作られた環境共生住宅の原点といわれる建物。 その価値を考えれば、一般の知られなさが意外に思えるほどの名所。 日本の近代建築20選の建物であり、藤井厚ニという大正から昭和にかけて活躍した建築家のものである。

JR山崎駅から、山の方へ歩き踏み切りをわたって天王山山道入り口の横の、赤いポストの道に入って、木が生い茂る入り組んだ道を登っていくと、小さくかわいらしい木の看板に出あう。

本尊は十一面観音である 724年、聖武天皇の勅命を受けた行基による開基と伝わる。

閻魔王及び眷属像（重要文化財） - 閻魔堂は鎌倉時代作の閻魔王坐像 閻魔の法廷で書記を務める冥界の役人の司録坐像が鎮座する。

天正10年、天王山が羽柴秀吉と明智光秀が戦った山崎の戦いの舞台となり、その際宝積寺には秀吉の本陣が置かれた。 直後秀吉により天王山に建設された「山崎城」にも取り込まれ、 このため城は「宝寺城」とも呼ばれた。 元治元年には禁門の変で尊皇攘夷派の真木保臣を始めとする十七烈士らの陣地がおかれた。

実業家・加賀正太郎が昭和時代初期に建物の他、庭園や道路、 家具、調度品なども含めて自ら設計、デザインして建てた英国風の山荘の建物を復元整備し、1996年に美術館として開館した。

本館 - 1階には展示室1・2と山本記念展示室、ミュージアムショップ、 2階には展示室34、喫茶室、テラス（2か所）がある。 地中館「地中の宝石箱」 - 安藤忠雄設計。モネの『睡蓮』などを展示。 山手館「夢の箱」 - 安藤忠雄設計。現代美術を展示。 屋外展示 - バリー・フラナガン『ボールをつかむ鉤爪の上の野兎』（庭園内）、フランソワ＝グザヴィエ・ラランヌ『新しい羊たち』（栖霞楼近く）

平安時代に宇多天皇の勅願で開山され、 江戸時代に木食以空が中興開山し堂塔を整えたといわれている。